مادة (22):
الجهاز مستقل في أداء مهامه ولا يجوز لأية جهة كانت التدخل في شئون الجهاز أو فروعه أو موظفيه بأية صورة كانت .
مادة (23):
لا يجوز لجميع موظفي الجهاز أن يباشروا أية أعمال أو نشاط يمس بطريقة مباشرة أو غير مباشرة باستقلالية الجهاز وحياده في العمل الرقابي وعلى وجه الخصوص يحظر عليهم مباشرة ما يلي:
- القيام بأي عمل آخر بمرتب أو بمكافأة بأي صورة كانت وسواءً من خزينة الدولة أو من أي جهة أخرى ، ولا يسري هذا الحظر على المساهمات في المجالات البحثية وأعمال التدريب بشرط الحصول على تصريح مسبق بذلك من رئيس الجهاز ويكون التصريح لرئيس الجهاز من رئيس مجلس الرئاسة.
- مزاولة مهنة حرة أو القيام بأي عمل تجاري أو صناعي أو مالي أو أي عمل آخر يتعارض مع مقتضى الاستقلالية والحياد .
- شراء أي شيء من أموال الدولة أو أن يؤجرها أو يبيعوها شيئاً من أموالهم أو يقايضوها عليه ولا يسري هذا الحظر على التعامل الذي يتم طبقاً لقواعد عامة تسري على الكافة.
- الانتماء أو الانتساب إلى أي من التنظيمات الحزبية والسياسية أو الاشتراك في الدعاية والترويج لها.
- مباشرة أي عمل رقابي في مجال الفحص والمراجعة لأي نشاط أو حساب بغرض خدمة أي حزب أو تنظيم سياسي أو لأية أغراض أخرى تخرج عن أهداف الجهاز وتخل بمقتضى الحياد والاستقلالية .
مادة (24):
- لا يجوز تعيين أو نقل الأعضاء الفنيين إلى الجهات التي باشروا فيها المهام الرقابية إلاَّ بعد مضي ثلاث سنوات على تركهم العمل في تلك المراقبات .
- - لا يجوز تكليف أي من الأعضاء الفنيين لرقابة جهة إذا ثبت أن هنالك أي نوع من الارتباط بين هذا العضو والإدارة الخاضعة للرقابة .
مادة (25):
لا يجوز للسلطات المختصة في الدولة أن تكلف الجهاز بفحص ومراجعة أي حساب أو نشاط لتحقيق أغراض لا علاقة لها باختصاصات الجهاز وأهدافه أو تخل باستقلالية الجهاز وحياده .. وفي جميع الأحوال يحظر تسخير الجهاز أو اختصاصاته أو صلاحياته أو موظفيه من قبل أي سلطة أو جهة أو مسؤول إلاَّ لتحقيق الأهداف الواردة في هذا القانون .
مادة (26):
لرئيس الجهاز السلطات المخولة لوزير المالية ووزير الخدمة المدنية والإصلاح الإداري المنصوص عليها في القوانين واللوائح فيما يتعلق باستخدام الاعتمادات المقررة بموازنة الجهاز وتنظيم أعماله وشئون العاملين فيه ، كما يكون له سلطة الترخيص بسفر العاملين به إلى الخارج ، ويكون التصريح له بالسفر إلى الخارج من رئيس مجلس الرئاسة .
مادة (27):
يكون للجهاز موازنة مستقلة تدرج رقماً واحداً في موازنة الدولة ، ويضع رئيس الجهاز مشروع الموازنة بحسب التبويب النمطي للموازنة العامة للدولة ، ويرسل المشروع إلى مجلس الرئاسة في موعد أقصاه خمسة أشهر قبل بداية السنة المالية مرفقاً به توضيحاً كافيا للزيادة في التقديرات عن اعتماداته للسنة الماضية وكافة الوثائق اللازمة لتمكين المجلس من دراسة المشروع والبت فيه وفقاً لما هو متبع بالنسبة لميزانية مكتب مجلس الرئاسة ومن ثم إحالة المشروع في وضعه النهائي إلى الحكومة لإدراجه في مشروع الموازنة العامة للدولة .. وفي جميع الأحوال لا يجوز للسلطات المختصة في الدولة احتجاز أو حجب أي جزء من موازنة الجهاز المعتمدة في الموازنة العامة .
مادة (28):
يتمتع الأعضاء الفنيين في الجهاز بالحماية من مختلف أشكال الضغوط والتدخلات التي من شأنها أن تعرقلهم عن القيام بمهامهم ويجب على كل عضو من الأعضاء الفنيين في الجهاز أن يلتزم التحفظ الذي يضمن له استقلاليته وحياده .
مادة (29):
إذا وقع خلاف بين الجهاز وإحدى الجهات الخاضعة للرقابة ولم يتم حسمه في مختلف المستويات المختصة فلرئيس الجهاز الحق في أن يعرض الموضوع على مجلس الرئاسة .
مادة (30):
للحفاظ على استقلالية وحياد مراجعي الحسابات في الوحدات الاقتصادية وعلى وجه الخصوص عند الاستعانة بهم من خارج النطاق الحكومي من المصرح لهم بمزاولة المهنة يتولى الجهاز تحصيل أتعاب المراجعة من الوحدات محل الفحص والمراجعة وإعادة صرفها لمراجعي الحسابات من الجهاز وباسمه وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون طرق تحديد الأتعاب وتحصيلها واوجه الصرف منها .